La pintura de Muñoz posee un gran componente de misterio y trascendencia. A pesar de que el artista alude en varias ocasiones a su agnosticismo, en sus trabajos existe cierta vibración espiritual. Del mismo modo, en algunos casos su obra −sin dejar la coherencia de su trayectoria−, se acerca de manera más explícita a la religión y en concreto a la iconografía del cristianismo, como en el gran mural de seiscientos veinte metros cuadrados para el ábside del Santuario de la Basílica de Aránzazu en Oñate (Guipúzcoa), o el tríptico de cinco metros Gólgota (1964) perteneciente a la Colección del Museo de Bellas Artes de Bilbao, premiado el mismo año con la Medalla de Oro de la Bienal de Arte Sacro de Salzburgo.
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