El 30 de noviembre de 1995 se inauguró una nueva presentación de la Colección del Museo Reina Sofía con una importante novedad: Guernica se mostró ya sin urna en la Planta 2 del Edificio Sabatini. Un poco más tarde, en marzo de 1996, se completó este proyecto con la apertura de la Planta 4 que acogió los fondos fechados desde la posguerra hasta la década de 1980. La nueva reordenación combinaba tres criterios: el cronológico, que confrontaba a los artistas españoles e internacionales a lo largo de distintas épocas; el temático, centrado en la sucesión de diferentes movimientos artísticos; y el denominado de valoración, que permitió establecer salas monográficas para subrayar las aportaciones singulares de ciertas figuras de la Colección.
La reordenación se concibió bajo la dirección de José Guirao (1994-2000) y con la colaboración del profesor Valeriano Bozal, entonces presidente del Patronato del Museo. Su estructura se mantuvo con las direcciones de Juan Manuel Bonet (2000-2004) y Ana Martínez de Aguilar (2004-2007), y, con la llegada de Manuel Borja-Villel (2008-2023), comenzaron a realizarse modificaciones encaminadas a plantear una nueva reordenación. Entre lo más destacado de estos años está la incorporación en 1996 de la escultura de Pablo Picasso La femme au jardin [Mujer en el jardín, ca. 1930-1932], así como de las obras de la llamada Operación Picasso, que se desarrolló entre 1996 y 1997. Esta “operación” supuso el ingreso de un conjunto de obras compradas a los herederos del artista que contribuyeron a completar el panorama histórico y estético en torno a Guernica: en febrero de 1997, se adquirieron las pinturas Figures au bord de la mer I [Figuras al borde del mar I, 1932], Femme assise accoudée [Mujer sentada acodada, 1939] y Femme assise dans un fauteuil gris [Mujer sentada en un sillón gris, 1939], y los dibujos Homme debout au mouton [Hombre de pie con cordero, 1943] y Tête de guerrier pacifiste [Cabeza de guerrero pacifista, 1951], este último donado por Claude Picasso.
Por último, además de la creación de una gran sala dedicada a Eduardo Chillida, cabe señalar la apuesta por incorporar obra de figuras internacionales como Louise Bourgeois, Cindy Sherman, Rafael Barradas, Hélio Oiticica, Robert Motherwell o el escultor David Smith ―expuesto en diálogo con el español Julio González―, con el propósito de completar narrativas históricas y ampliar el radio de alcance de la Colección.
